Embora as GUIs sejam incrivelmente populares e amigáveis para muitas tarefas, elas têm várias desvantagens:  
 Curva de usabilidade e aprendizado:   * 
 curva de aprendizado mais acentuada para tarefas complexas: Embora intuitivo para tarefas simples, dominar o software sofisticado com uma GUI pode exigir um tempo significativo para aprender menus, atalhos e recursos ocultos. Isso é especialmente verdadeiro para os usuários não familiarizados com computadores ou software específico. 
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 inconsistência entre os aplicativos: Aplicativos diferentes geralmente usam convenções de GUI diferentes, forçando os usuários a aprender novas interfaces para cada programa. Essa falta de padronização pode ser frustrante e ineficiente. 
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 ineficiente para usuários de energia: Para usuários experientes que precisam executar tarefas repetitivas rapidamente, a natureza de apontar e clicar de uma GUI pode ser mais lenta que as interfaces da linha de comando (CLIS) ou scripts. GUIs geralmente não têm flexibilidade e precisão do CLIS. 
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 Desafios de acessibilidade: As GUIs mal projetadas podem apresentar desafios de acessibilidade para usuários com deficiência, particularmente aqueles com deficiências visuais ou dificuldades motoras.    
 Limitações técnicas:   * 
 Recurso intensivo: As GUIs requerem mais recursos do sistema (processamento de CPU, memória e gráfico) do que o CLIS, potencialmente impactando o desempenho em máquinas mais antigas ou menos poderosas. 
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 vulnerabilidade a erros: A complexidade das GUIs pode levar a mais oportunidades para bugs e falhas de software. 
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 Controle limitado: As GUIs oferecem controle menos direto sobre o sistema subjacente em comparação com o CLIS. 
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 Difícil de automatizar: Automatando tarefas complexas através de uma GUI geralmente requer raspagem de tela complicada ou outras técnicas de solução alternativa, enquanto a CLIS se presta mais facilmente a scripts e automação.    
 Outras desvantagens:   * 
 Distração: A natureza visual das GUIs pode ser perturbadora para alguns usuários, especialmente quando se concentra em problemas complexos. 
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 Screen Real Estate: As GUIs geralmente exigem mais espaço na tela que o CLIS, o que pode ser um problema em telas menores ou quando vários aplicativos precisam estar abertos simultaneamente. 
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 Falta de padronização: Como mencionado anteriormente, a falta de padrões de design consistentes em diferentes aplicações leva a frustração e ineficiência.   
 É importante observar que muitas dessas desvantagens podem ser atenuadas por meio de boas práticas de design. Uma GUI bem projetada pode ser amigável e eficiente, mas as características inerentes às GUIs significam que algumas limitações sempre existirão em comparação com interfaces alternativas.