O MySQL usa uma combinação de organizações de arquivos, dependendo do mecanismo de armazenamento usado. Não há uma organização de arquivos universal única em todos os mecanismos de armazenamento MySQL.

Os mecanismos de armazenamento mais usados ​​e suas organizações de arquivos associadas são:

* innodb: Este é o mecanismo de armazenamento padrão na maioria das versões MySQL. Ele usa um índice em cluster, o que significa que os valores de chave primária são fisicamente agrupados no disco. Isso melhora o desempenho para consultas que usam a chave primária. Os dados são armazenados em um conjunto de arquivos:espaço de tabela de sistemas, arquivos de dados (`.ibd` arquivos, um por tabela, a menos que as tabelas sejam colocadas no espaço de tabela do sistema) e segmentos de reversão (para transações). Ele não usa diretamente organizações de arquivos tradicionais, como as árvores B da mesma maneira que alguns sistemas de arquivos mais antigos. A estrutura interna é complexa e usa estruturas de árvore B para indexação e uma lista duplamente ligada para acesso eficiente em linha dentro de uma página.

* myisam: Um motor mais antigo, amplamente substituído por Innodb. Myisam usa arquivos separados para dados e índices. Os dados são armazenados em um único arquivo e cada índice é armazenado em um arquivo separado. Os índices de Myisam são tipicamente baseados em B-Tree. É conhecido por seu desempenho de leitura mais rápido em comparação com o InnoDB, mas não possui suporte à transação e bloqueio no nível da linha.

* Memória (ou heap): Este motor armazena tabelas na memória. A organização de arquivos é menos relevante aqui, pois os dados residem na RAM e não são diretamente persistentes no disco (a menos que você use uma configuração específica para grave -lo no disco).

* Arquivo: Usado para arquivar dados. Ele usa uma organização simples e somente de anexo, minimizando a sobrecarga e otimizando para o desempenho da gravação. Não foi projetado para leituras frequentes.

* CSV: Armazena os dados em arquivos simples de CSV (valores separados por vírgula). Este é um formato simples baseado em texto.

Em resumo, não há resposta única para o que a organização de arquivos MySQL usa. A organização depende fortemente do mecanismo de armazenamento escolhido e de seus detalhes de implementação interna. O Innodb, sendo o padrão, utiliza uma estrutura interna complexa e otimizada, não uma organização de arquivos simples e facilmente identificável.