Os formatos de arquivo mais comuns usados ​​no iTunes são:

- AAC (codificação de áudio avançada) :Este é um formato de compactação de áudio com perdas que oferece boa qualidade em tamanhos de arquivo relativamente pequenos. O iTunes usa AAC para a maioria de seus arquivos de música, incluindo aqueles adquiridos na iTunes Store.

- MP3 (camada de áudio MPEG-1 3) :Outro formato de compressão de áudio com perdas, o MP3 é um dos formatos mais usados ​​no mundo. É compatível com quase todos os dispositivos que reproduzem arquivos de áudio. O iTunes também usa MP3 para alguns arquivos de música, incluindo aqueles extraídos de CDs.

- WAV (formato de áudio em forma de onda) :um formato de arquivo de áudio sem perdas que preserva os dados de áudio originais. Os arquivos WAV são grandes, mas oferecem som da mais alta qualidade. O iTunes pode reproduzir arquivos WAV, mas eles não são suportados por todos os dispositivos.

- AIFF (formato de arquivo de intercâmbio de áudio) :Outro formato de arquivo de áudio sem perdas, AIFF é semelhante ao WAV, mas é mais comumente usado em dispositivos Apple. O iTunes oferece suporte a arquivos AIFF e são uma boa opção para reprodução de áudio de alta qualidade em dispositivos Mac e iOS.

Além desses formatos de áudio, o iTunes também pode reproduzir e gerenciar arquivos de vídeo nos seguintes formatos:

- MP4 (MPEG-4) :um formato de contêiner que pode conter vídeo, áudio e legendas. MP4 é compatível com quase todos os dispositivos que reproduzem arquivos de vídeo.
- MOV (Filme QuickTime) :formato de arquivo de vídeo proprietário da Apple. Os arquivos MOV podem ser reproduzidos em dispositivos Mac e iOS e também são suportados por alguns softwares de terceiros.
- M4V (vídeo MPEG-4) :uma variante do formato MP4 usado para arquivos de vídeo adquiridos na iTunes Store. Os arquivos M4V são protegidos por DRM (Digital Rights Management) e só podem ser reproduzidos em dispositivos autorizados.

Além disso, o iTunes pode gerenciar podcasts nos seguintes formatos:

- MP3
- CAA
- M4B (livro de áudio MPEG-4) :um formato de contêiner que pode conter audiolivros, bem como metadados, como marcadores de capítulos e capas. Os arquivos M4B são protegidos por DRM e só podem ser reproduzidos em dispositivos autorizados.
- PDF (formato de documento portátil) :um formato de arquivo usado para documentos que podem ser visualizados e impressos em vários dispositivos. O iTunes pode gerenciar arquivos PDF que contêm podcasts, como os criados pela BBC e NPR.