O formato de arquivo FASTA é um formato baseado em texto usado para representar seqüências de nucleotídeos e peptídeos com códigos de uma única letra . O formato se originou com o pacote de software FASTA , que foi desenvolvido na Universidade da Virgínia. O formato FASTA tornou-se um padrão na área de bioinformática. É possível fazer o download do pacote de software FASTA e criar e comparar as sequências em seu próprio computador Mac . Coisas que você precisa
programa executável FASTA para Mac OS X
programa Terminal
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download de um executável de FASTA construído para Mac OS X ( ver Resource 1). Professor WR Pearson , da Universidade de Virgínia mantém um site com código fonte e arquivos executáveis ​​binários para diversas plataformas . Em fevereiro de 2012 , a última versão binária do FASTA para Mac OS X é fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz .
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Abra uma janela do Finder e navegar usando a barra lateral esquerda para o seu pasta de download . Dê um clique duplo sobre o arquivo binário executável FASTA que você baixou. Este procedimento irá descompactar e desarquivar o pacote para criar uma sub- pasta chamada " fasta - 35.4.11 " na sua pasta de download.
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Abra uma janela de terminal e navegue até a pasta de downloads a partir da linha de comando. O comando no Terminal será " cd Downloads" se você usar os padrões do sistema. A partir da pasta Downloads, digite " cd fasta - 35.4.11 " para entrar na pasta FASTA .
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Digite o comando " bin/fasta35 -q seq/mgstm1.aa seq /prot_test . lseg "na janela de terminal. Isso irá executar uma seqüência de consulta de teste contra uma biblioteca de teste. Se esse comando é executado corretamente, você verá um resumo dos tempos de digitalização e resíduos de seqüência.
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Faça um arquivo FASTA usando qualquer editor de texto, tais como a aplicação TextEdit ou o comando vi do Terminal . Um arquivo FASTA é um arquivo de texto simples. A primeira linha do arquivo deve conter um caractere ">" seguido por um identificador de seqüência. Seu arquivo FASTA deve conter uma sequência de DNA nas linhas restantes.