Não, você não precisa manter o arquivo de configuração depois de instalar o programa corretamente.
O arquivo de configuração é o que permite instalar um programa. Ele contém os componentes de software necessários e as informações de configuração necessárias para a execução do programa. Depois que o arquivo de configuração concluir o processo de instalação, você poderá excluí-lo. O programa instalado continuará funcionando sem ele.
Manter o arquivo de configuração após a instalação é desnecessário e pode até representar um risco à segurança. Arquivos de configuração antigos podem conter vulnerabilidades exploráveis que podem comprometer a segurança do seu computador. Portanto, é uma boa prática excluir os arquivos de configuração depois de verificar se o programa está funcionando corretamente após a instalação.