imagens digitais em microscopia avançou notavelmente nos últimos anos e é capaz de igualar ou exceder a qualidade de imagem do filme. O software que é usado para armazenar e processar as imagens também é cada vez mais avançadas . Imagem Multidimensional

pacotes avançados podem capturar, gerenciar e analisar os dados e exibir imagem multidimensional de seis dimensões : X, Y , Z, Lambda (comprimento de onda ), T e pontos múltiplos estágios. Imagens 3D pode ser visualizado como o software torna seqüências de imagens em várias dimensões .
Profundidade de campo

Imagens que foram capturados em diferentes níveis de foco pode ser usado para criar uma imagem totalmente em foco .
Database Management

software de imagem de microscópio moderno pode gerenciar bancos de dados de imagens , apoiando imagem e metadados. As imagens podem ser classificados em bancos de dados e tabelas para a filtragem , classificação e agrupamento múltipla. Os dados de imagem podem ser exportados para uma planilha para análise posterior.
Deconvolution

imagens fluorescentes em 3D pode ser melhorada através da redução da névoa e desfocagem da imagem.