O sistema de arquivos que contém a maioria dos arquivos do sistema operacional é normalmente o sistema de arquivo raiz (frequentemente indicado como `/` em sistemas do tipo Linux/UNIX e `C:\` no Windows). É aqui que residem o núcleo do núcleo, as bibliotecas do sistema e os binários essenciais do sistema. Enquanto outros sistemas de arquivos podem armazenar * alguns * arquivos relacionados ao sistema operacional (por exemplo, partições de troca), a grande maioria está localizada no sistema de arquivos raiz.