Os supercomputadores não usam um único sistema operacional universal como você encontraria em um desktop ou laptop. Em vez disso, eles normalmente usam sistemas operacionais especializados projetados para sua carga de trabalho e carga de trabalho específicos. Geralmente, são versões personalizadas ou fortemente modificadas dos sistemas existentes. As bases comuns incluem:

* Distribuições Linux: Muitos supercomputadores dependem de distribuições de Linux altamente personalizadas, geralmente adaptadas para ambientes de computação de alto desempenho (HPC). Essas distribuições são otimizadas para processamento paralelo, gerenciando um grande número de processadores e núcleos e manuseando conjuntos de dados maciços. Os exemplos incluem Cray Linux Environment (CLE) e várias distribuições baseadas em Red Hat Enterprise Linux (RHEL) ou CENTOS.

* Outros oses especializados: Embora menos comuns agora que o Linux, outros sistemas operacionais especializados foram historicamente usados, geralmente desenvolvidos pelos próprios fornecedores de supercomputadores.

O sistema operacional não é o recurso definidor de um supercomputador. São os enormes recursos de processamento paralelo, redes de alta velocidade interconectadas e hardware especializado (como GPUs e interconexões personalizadas) que realmente os distinguem. O sistema operacional é um componente crucial que permite o uso eficaz desse hardware.