Uma vantagem de um modelo físico de bola e bastão em relação a um gráfico é o Entendimento espacial aprimorado e manipulação . Você pode girar fisicamente e manipular o modelo para visualizar a molécula de diferentes perspectivas e entender melhor sua estrutura tridimensional e sua relação entre átomos. Isso é mais difícil de alcançar com representações 2D estáticas ou mesmo com modelos 3D interativos em uma tela, especialmente para moléculas complexas.