Existem três tipos de sistemas de arquivos FAT:

- FAT12: FAT12 significa File Allocation Table com 12 bits, foi o primeiro tipo de sistema de arquivos FAT e ainda é usado em mídias de armazenamento muito pequenas e de baixa capacidade, como disquetes. Ele usa 12 bits por entrada FAT, o que limita o número máximo de clusters e arquivos suportados em um volume FAT12. FAT12 suporta um tamanho máximo de partição de 16 MB.


- FAT16: FAT16 ou Tabela de Alocação de Arquivos com 16 bits, é um sistema de arquivos FAT mais avançado que usa 16 bits por entrada FAT, permitindo tamanhos de partição maiores e mais arquivos/clusters suportados em comparação com FAT12. O FAT16 tornou-se amplamente popular nas décadas de 1980 e 1990 e era comumente usado em discos rígidos, pois oferecia melhor desempenho e mais espaço de armazenamento do que o FAT12. FAT16 suporta um tamanho máximo de partição de 2 GB.


- FAT32: FAT32 ou Tabela de Alocação de Arquivos com 32 bits, é uma atualização significativa em relação ao FAT16 e foi desenvolvido para atender às limitações de seus antecessores. O FAT32 usa 32 bits por entrada FAT, aumentando drasticamente o número máximo de arquivos/clusters suportados e permitindo tamanhos de partição maiores. O FAT32 ainda é comumente usado hoje em unidades flash USB, cartões de memória e sistemas operacionais mais antigos. Ele suporta um tamanho máximo de partição de 2 TB, embora algumas implementações possam ter um limite menor.