MicroATX não aumenta o custo total de um sistema com base no número de slots de expansão na placa-mãe. As placas-mãe MicroATX geralmente têm menos slots de expansão em comparação com as placas-mãe ATX, o que pode levar a um custo menor para a própria placa-mãe. Contudo, a diferença de custo é geralmente insignificante e não afeta significativamente o custo geral do sistema. O custo total de um sistema depende de vários fatores, como os componentes escolhidos (por exemplo, CPU, GPU, memória, armazenamento), tamanho do gabinete, fonte de alimentação e recursos ou acessórios adicionais.