Não, não há problema inerente a ter dois discos rígidos com diferentes sistemas de arquivos no mesmo computador. Os sistemas operacionais modernos são projetados para lidar com vários sistemas de arquivos simultaneamente.
No entanto, existem algumas considerações práticas:
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Acessibilidade: Você não poderá acessar diretamente arquivos em uma unidade formatada com um sistema de arquivos que seu sistema operacional não suporta de forma nativamente sem instalar drivers ou software adicionais. Por exemplo, se o seu sistema operacional principal for Windows e uma unidade for formatada com o EXT4 (comum no Linux), você precisará de software de terceiros para ler e gravar nessa unidade ext4.
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Migração de dados: Mover arquivos entre unidades com diferentes sistemas de arquivos pode ser mais complexo. Pode ser necessário copiar arquivos em vez de simplesmente arrastar e soltar.
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Compatibilidade de software: Alguns aplicativos podem ter preferências ou limitações em relação a sistemas de arquivos específicos.
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backup e recuperação: O backup e a restauração de dados em diferentes sistemas de arquivos requer planejamento cuidadoso e pode precisar de software especializado.
Em suma, é perfeitamente viável, mas você precisa estar ciente das limitações e planejar de acordo. O maior problema é geralmente acessibilidade; Se você precisar acessar regularmente os arquivos nas duas unidades, escolha sistemas de arquivos que seu sistema operacional suporta nativamente ou esteja preparado para instalar um software extra.