A principal desvantagem do Eniac (e de outros computadores de primeira geração) foi sua falta de capacidade de programa armazenado . Isso significava que a alteração do programa exigia religião fisicamente da máquina, que era um processo tedioso, demorado e propenso a erros.

Eis por que isso foi uma desvantagem tão significativa:

* Programação demorada: Cada vez que uma nova tarefa era necessária, engenheiros e programadores precisavam reconectar fisicamente centenas ou milhares de fios e comutadores. Isso pode levar dias ou até semanas.
* difícil de depurar: Encontrar e corrigir erros na fiação foi extremamente desafiador.
* Flexibilidade limitada: A máquina era essencialmente conectada para uma tarefa específica até que fosse reprogramada. Essa falta de flexibilidade dificultou sua utilidade.
* tempo de inatividade: A constante religião levou a falhas frequentes e tempo de inatividade.

Embora os computadores de primeira geração fossem inovadores, essa falta de capacidade de programa armazenada os tornou impraticável para muitas tarefas modernas de computação. O advento da arquitetura do programa armazenado (com a arquitetura von Neumann) nas gerações posteriores revolucionou a computação.