Existem algumas desvantagens em usar DSDM:

- DSDM pode ser complexo de implementar. A estrutura DSDM é bastante abrangente e pode ser difícil de compreender e implementar, especialmente para organizações que não estão familiarizadas com metodologias ágeis.
- A implementação do DSDM pode ser cara. O DSDM requer um investimento significativo de tempo e recursos para ser implementado de forma eficaz. Isso pode incluir treinamento, consultoria e compra de software e ferramentas.
- DSDM pode atrapalhar os processos existentes. O DSDM pode exigir mudanças significativas nos processos e procedimentos existentes de uma organização. Isso pode ser perturbador e levar à resistência dos funcionários.
- DSDM pode não ser adequado para todos os projetos. O DSDM é mais adequado para projetos de pequeno a médio porte, com escopo claro e não altamente complexos. Pode não ser adequado para projetos maiores e mais complexos, ou para projetos que exijam um elevado nível de conformidade regulamentar.