O Windows Server 2003 usa o 
 ntfs (novo sistema de arquivos de tecnologia)  sistema de arquivos por padrão.  
 Embora também possa suportar outros sistemas de arquivos como o FAT32 e o FAT16, eles são usados principalmente para compatibilidade com sistemas e dispositivos operacionais mais antigos. Para a maioria dos propósitos, o NTFS é o sistema de arquivos recomendado e preferido para o Windows Server 2003.