Você capitaliza "comando" quando:
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é o começo de uma frase: "Comande as tropas para avançar."
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faz parte de um substantivo adequado: "Os Dez Mandamentos", "Autoridade de Comando de Operação". (Observe que, em alguns casos, como "The Command Center", não seria capitalizado porque "Comando" está atuando como um substantivo comum e não um nome adequado.)
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é um título ou parte de um título: "Chefe de Comando", "A série Comando e Conquista"
Em todos os outros casos, "comando" é minúsculo.
