Os ficheiros PDB armazenam dados relativos às estruturas tridimensionais de proteínas, ácidos nucleicos e seus complexos; eles são gerados usando cristalografia de raios X ou espectroscopia de RMN.

Mais especificamente, o Protein Data Bank (PDB) é um repositório para estruturas de proteínas, ácidos nucléicos e outras macromoléculas biológicas determinadas experimentalmente. Os arquivos PDB armazenam as coordenadas atômicas e outros dados relacionados a essas moléculas, permitindo aos cientistas visualizar e analisar suas estruturas e estudar as interações entre diferentes moléculas. Os arquivos PDB são amplamente utilizados em biologia estrutural, design de medicamentos e outras áreas de pesquisa.