O Pro Tools usa principalmente o Audio Interchange File Format (AIFF) para arquivos de áudio. AIFF é um formato sem perdas, o que significa que não compacta os dados de áudio, resultando em som de alta qualidade. É comumente usado na produção de áudio profissional, incluindo Pro Tools, devido à sua confiabilidade, compatibilidade e capacidade de manter a qualidade de áudio original.

O Pro Tools também suporta outros formatos de arquivo, como WAV (Waveform Audio File Format), BWF (Broadcast WAV File Format), CAF (Core Audio Format), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), e AAC (codificação de áudio avançada). Esses formatos variam em termos de compactação, qualidade e compatibilidade com diferentes softwares e dispositivos de áudio.

Dependendo dos requisitos específicos do projeto, como considerações de compatibilidade, qualidade e tamanho do arquivo, os usuários podem escolher o formato de arquivo apropriado ao exportar ou importar arquivos de áudio no Pro Tools.