O sistema de arquivos preferido usado no Windows depende da versão do sistema operacional.  
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Para Windows 98 e anteriores , o sistema de arquivos preferido é FAT (File Allocation Table). 
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Para Windows 2000 e posterior , o sistema de arquivos preferido é NTFS (NT File System).  
 NTFS é um sistema de arquivos mais avançado que o FAT e oferece diversas vantagens, incluindo: 
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Segurança aprimorada :o NTFS oferece suporte a listas de controle de acesso (ACLs), que permitem especificar quem pode acessar arquivos e pastas e o que pode fazer com eles. 
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Maior confiabilidade :o NTFS é mais resistente à corrupção de dados do que o FAT. 
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Tamanhos de arquivo maiores :O NTFS pode suportar arquivos de até 16 TB, enquanto o FAT só pode suportar arquivos de até 4 GB. 
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Melhor desempenho :NTFS geralmente é mais rápido que FAT, especialmente para arquivos grandes.  
 No entanto, o FAT ainda é usado em alguns casos, como em unidades flash USB e outros dispositivos de armazenamento portáteis. Isso ocorre porque o FAT é mais compatível com uma gama mais ampla de dispositivos do que o NTFS.