Não existe nenhum modo de operação que possa ser usado para executar diretamente aplicativos do Windows 98 instalados no Windows Vista. Os aplicativos projetados para o Windows 98 não são compatíveis com o Windows Vista e não podem ser executados nele. Isso se deve às mudanças e melhorias significativas que foram introduzidas no sistema operacional Windows, do Windows 98 ao Windows Vista.