No Puppy Linux, o shell de linha de comando padrão é o shell BusyBox, também conhecido como ash. Este é um shell leve e versátil que fornece funcionalidade padrão de linha de comando do Linux. Outros shells comumente usados no Puppy Linux incluem o shell Bash (Bourne-Again SHell) e Zsh (Z Shell). Os usuários podem alternar facilmente entre diferentes shells alterando a variável de ambiente SHELL ou invocando o shell desejado diretamente do terminal.