Não há um único sistema de arquivos Linux "nativo". O Linux suporta uma ampla variedade de sistemas de arquivos e cuja opção é usada para o sistema de arquivos raiz (o sistema de arquivos principal onde o sistema operacional reside) depende da distribuição e das opções do instalador.

Enquanto ext4 é muito comumente usado como sistema de arquivos raiz em muitas distribuições modernas do Linux devido a seus recursos e maturidade, outros como btrfs , xfs , e até os mais velhos como ext3 também são usados. A escolha geralmente envolve uma troca entre recursos, desempenho e confiabilidade. Não existe um único "padrão" que se aplique universalmente.