Normalmente não há partição de inicialização se você não usar partições; nesse caso, você deve colocar a raiz do sistema de arquivos no início do disco.

Se você decidir usar uma única partição para todo o disco, ainda poderá ter uma partição de inicialização separada. Para fazer isso, você precisaria criar uma pequena partição (cerca de 512 MB na maioria dos casos) no início do disco e formatá-la com um sistema de arquivos adequado (normalmente FAT32). Você precisaria então instalar o bootloader (como GRUB) nesta partição. O resto do disco estaria então disponível para a partição raiz.

Outra opção é usar um tipo de tabela de partição que suporte tipos de partição em 4 partições primárias, se o seu BIOS ou UEFI suportar isso. Caso contrário, você poderia usar uma configuração LVM ou simplesmente dividir o disco em partições diretamente, sem usar nenhuma tabela de partição, usando fdisk sem criar uma tabela de partição (basta especificar o setor inicial de cada partição). Essa configuração é chamada de modo híbrido DOS.