Uma grande desvantagem de usar o FTP da linha de comando é sua falta de segurança . O FTP transmite dados em texto simples, significando nomes de usuário, senhas e dados em si são facilmente interceptados por qualquer pessoa que monitore o tráfego de rede. Isso o torna altamente vulnerável a escutas e ataques de homem no meio. Embora o SFTP (protocolo de transferência de arquivos SSH) ofereça uma alternativa segura, é um protocolo completamente diferente, não um recurso da linha de comando padrão FTP.