Os sistemas de arquivos NTFS não são comumente usados ​​em unidades Flash USB devido à sua sobrecarga e estrutura de arquivos relativamente complexa. Por serem otimizados para discos rígidos, eles têm limitações em unidades Flash USB:

- Despesas gerais :os sistemas de arquivos NTFS têm mais sobrecarga do que o FAT32, pois rastreiam metadados adicionais e informações de registro em diário, o que pode resultar em desempenho mais lento em unidades Flash USB.
- Desfragmentação :os sistemas de arquivos NTFS exigem desfragmentação para manter o desempenho ideal. No entanto, desfragmentar uma unidade flash USB pode reduzir sua vida útil, pois aumenta os ciclos de gravação.
- Limitações de tamanho :embora o NTFS teoricamente suporte volumes maiores, versões mais antigas do Windows podem ter limitações para unidades USB formatadas com NTFS, restringindo sua capacidade a 32 GB ou menos.
- Compatibilidade :NTFS é um sistema de arquivos proprietário desenvolvido pela Microsoft e pode não ter suporte universal em todos os dispositivos, especialmente dispositivos mais antigos que não possuem drivers NTFS ou têm suporte de software limitado.