Os supercomputadores podem ser configurados para acesso a vários usuários, mas não é inerente à sua definição. Muitos supercomputadores são usados ​​por vários pesquisadores ou equipes, geralmente por meio de um sofisticado sistema de agendamento de empregos que permite que muitos usuários enviem tarefas que são executadas em paralelo. No entanto, o próprio sistema pode não ser diretamente interativo, como um servidor multiusuário típico em que você logaria com um ambiente de desktop. Em vez disso, os usuários normalmente interagem indiretamente através do envio de trabalhos e verificando os resultados.