O sistema operacional usa uma variedade de índices para gerenciar arquivos de computador, mas o mais fundamental é uma tabela de alocação de arquivos ou uma variante mais sofisticada como uma tabela de arquivos mestre (MFT) (usado no NTFS). Esses não são índices da mesma maneira que um índice de banco de dados é, mas servem a um propósito semelhante:permitindo acesso rápido aos dados do arquivo.

* gordura: Esta tabela mapeia os dados do arquivo para clusters (blocos contíguos) no dispositivo de armazenamento. É uma estrutura relativamente simples, eficiente para unidades menores.

* mft: Esta é uma estrutura semelhante ao banco de dados mais complexa usada pelo NTFS. Cada arquivo e diretório têm uma entrada na MFT contendo metadados (nome, tamanho, localização, atributos etc.) e ponteiros para onde os dados do arquivo são armazenados no disco. Isso permite um gerenciamento muito mais eficiente de arquivos grandes e unidades e suporta recursos como permissões de arquivos e diário.

Embora não sejam estritamente indexadas no sentido do banco de dados, essas tabelas são cruciais para o sistema operacional localizar e acessar rapidamente arquivos na mídia de armazenamento. Outros índices podem ser usados ​​pelo sistema operacional para fins específicos (como a pesquisa), mas o índice fundamental para gerenciamento de arquivos é a tabela de alocação de arquivos ou seu sucessor, a MFT.