A incompatibilidade entre os arquivos criados no Macintosh OS e o Windows surgiu principalmente de diferentes abordagens para:
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Sistemas de arquivo: Os primeiros Macs usaram o sistema de arquivos hierárquicos (HFS), evoluindo posteriormente para o HFS+. O Windows usado (e ainda usa em grande parte variantes de) o sistema de tabela de alocação de arquivos (FAT), inicialmente FAT12 e FAT16, depois posteriormente os NTFs. Esses sistemas estruturaram arquivos e diretórios no disco de maneira diferente. Isso significava que um disco formatado para um sistema operacional não era diretamente legível pelo outro.
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finais de linha: Os arquivos de texto usavam caracteres diferentes para marcar o final de uma linha. Macintosh usou um único caractere de retorno de carruagem (CR), enquanto o Windows usou um retorno de carro seguido de um feed de linha (CRLF). Isso pode levar a arquivos de texto que aparecem iluminados ou formatados incorretamente quando abertos no outro sistema.
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codificação de caracteres: As versões iniciais de ambos os sistemas operacionais usaram diferentes codificações de caracteres (maneiras de representar caracteres de texto como números) para representar o texto. Isso freqüentemente resultou em caracteres aparecendo como símbolos sem sentido ou inesperados quando um arquivo foi transferido entre os sistemas.
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Formatos de arquivo: Embora alguns formatos de arquivo tenham sido relativamente agnósticos da plataforma (como o texto sem formatação-embora, mesmo assim, os finais de linha tenham sido um problema), muitos formatos de arquivo específicos para aplicativos (por exemplo, documentos de processamento de texto, planilhas) eram proprietários e diretamente legíveis por aplicativos em seu sistema operacional nativo. Isso significava que um documento do Word criado em um Mac não poderia ser aberto diretamente em uma versão do Windows do Word (e vice -versa).
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Dados binários e ordem de byte: Em alguns casos, a maneira como os dados binários (como arquivos de imagem, executáveis etc.) foram armazenados internamente diferidos. Isso foi particularmente relevante para a ordem de byte (Endianness), com alguns sistemas armazenando dados em ordem grande e endiana e outros em Little-Endian. Tentar abrir um arquivo binário criado em um sistema usando uma ordem de bytes diferente pode levar a dados corrompidos ou ilegíveis.
Essencialmente, não se tratava apenas do arquivo em si, mas de toda a maneira como o sistema operacional gerenciou e armazenou dados no disco. Com o tempo, essas incompatibilidades foram reduzidas com o aumento de mais formatos de arquivo de plataforma cruzada (como PDF, vários formatos de imagem), padrões aprimorados de codificação de caracteres (como UTF-8) e ferramentas que podem traduzir entre sistemas de arquivos e lidar com diferentes terminações de linha. No entanto, aplicativos e arquivos legados ainda exibem frequentemente essas incompatibilidades.