Uma partição NTFS é mais segura que uma partição FAT32 por vários motivos:

- Permissões de arquivo :o NTFS oferece suporte a permissões de arquivo, que permitem controlar quem pode acessar determinados arquivos e pastas. O FAT32 não possui esse recurso, portanto qualquer usuário com acesso à partição pode acessar qualquer arquivo nela contido.
- Criptografia :o NTFS suporta criptografia, o que permite criptografar o conteúdo da sua partição para que não possa ser acessado por usuários não autorizados. O FAT32 não possui esse recurso, portanto, quaisquer dados na partição ficam vulneráveis ​​a roubo se a partição for roubada ou comprometida.
- Cotas de disco :o NTFS oferece suporte a cotas de disco, que permitem limitar a quantidade de espaço que cada usuário pode usar na partição. O FAT32 não possui esse recurso, portanto os usuários podem preencher toda a partição com seus dados, evitando que outros usuários os utilizem.
- Diário :o NTFS usa um sistema de registro em diário para rastrear alterações feitas na partição. Isto permite que a partição seja recuperada mais facilmente em caso de falha do sistema. O FAT32 não possui esse recurso, portanto, se o sistema falhar, os dados poderão ser perdidos ou corrompidos.

No geral, o NTFS é um sistema de arquivos mais seguro que o FAT32. Se você está preocupado com a segurança dos seus dados, você deve usar o NTFS.